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李琳的研究领域包括开发单细胞多组学测序技术、研究哺乳动物生殖系细胞发育和疾病发生发展进程中的表观遗传学调控。她曾于2018年6月以第一作者身份在《Nature Cell Biology》发表题为《Single-cell multi-omicssequencing of human early embryos》的论文，并曾在《Cell》合作发表《The Transcriptome and DNA MethylomeLandscapes of Human Primordial Germ Cells》一文，以及在《Cell Research》合作发表《Single-cell multi-omics sequencing of mouse early embryos and embryonic stem cells》一文。

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