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柴益民1964年出生于浙江衢州，1987年从北京医科大学毕业，分配到上海第六人民医院骨科工作。1992年考入广州中山医科大学骨科，师从李佛保教授攻读硕士学位。1995年毕业后到海南省人民医院，专门从事显微手外科工作。2005年又调回上海交通大学附属第六人民医院骨科新万博体育官方网站官网，继续从事显微外科临床与教学工作。

另据“上海市第六人民医院”微信公号介绍，柴益民针对临床复杂组织缺损治疗困难，保肢率低的现状，建立了8个系列的修复重建关键技术体系，并提出保肢新策略。柴益民率领保肢团队累计诊治患者20000余例，将保肢率由先前的32.43%提高到64.43%，取得了巨大的社会效益。创立的保肢技术被2013年世界重建显微外科大会评为“近年世界重建新技术”之一。柴益民2016年入选上海领军人才培养计划，研究成果获得华夏医学科技一等奖，上海市科技进步一等奖等，并在国际、国内等多个有影响力的学术组织中任重要职务。